Le cénote Esmeralda est un joyau naturel situé dans la lagune de Bacalar. Son nom vient de sa couleur vert émeraude intense caractéristique, résultat du mélange de minéraux et de courants d'eau souterrains qui émergent dans cette zone. C'est un point de grande profondeur qui crée un contraste surprenant avec les eaux turquoise qui l'entourent. Lors des excursions en bateau, un arrêt est prévu pour admirer sa beauté et découvrir son importance écologique, car c'est là que se trouve l'une des sources qui alimentent la lagune. Toutefois, pour des raisons de sécurité et de préservation, la baignade n'est pas autorisée sur ce site. La visite se limite à l'observer depuis le bateau.

Le cénote Cocalitos, connu sous le nom de « Sanctuaire des Stromatolites », est l'un des joyaux naturels les plus emblématiques de Bacalar. Ses eaux peu profondes et cristallines permettent d’observer de près ces formations anciennes, considérées comme les plus anciens organismes vivants de la planète. Cependant, en raison de leur fragilité et pour préserver cet écosystème unique, la baignade est interdite dans les zones où se trouvent les stromatolites. Ainsi, lors des excursions en bateau sur la Laguna de los Siete Colores, Cocalitos est un arrêt pour admirer depuis le bateau, sans possibilité d'entrer dans l'eau dans cette zone spécifique. Cette mesure vise à protéger et à conserver ce trésor naturel pour les générations futures.

À quelques mètres du cénote Cocalitos, les excursions en bateau s'arrêtent dans une zone peu profonde et cristalline de la lagune de Bacalar, idéale pour nager et se détendre. Ce lieu de baignade se distingue par ses eaux peu profondes, son fond sablonneux et la couleur turquoise caractéristique qui donne son nom à la Laguna de los Siete Colores. C'est un endroit sûr et parfait pour plonger, flotter ou simplement profiter du paysage. Contrairement à d'autres endroits plus profonds ou plus délicats, la baignade y est autorisée, ce qui en fait l'un des moments les plus attendus de la visite.

Bird Island est une petite île située dans la lagune de Bacalar, connue pour être un sanctuaire naturel où vivent et nichent diverses espèces d'oiseaux, comme les hérons, les spatules rosées et les cormorans. Sa végétation dense et sa tranquillité en font un lieu incontournable pour l'observation des oiseaux et la contemplation de l'écosystème local. Lors des excursions en bateau, un arrêt est effectué devant l'île pour l'admirer depuis le bateau, car pour des raisons de conservation, le débarquement et la baignade ne sont pas autorisés dans cette zone. C'est une zone protégée qui met en valeur la richesse naturelle de Bacalar.

Le canal des pirates est l'une des destinations les plus emblématiques de Bacalar, Quintana Roo. Ce canal naturel relie la lagune de Bacalar à la rivière Hondo et doit son nom aux histoires de pirates qui, à l'époque coloniale, utilisaient cette route pour piller la région. Lors des excursions en bateau, les visiteurs naviguent sur le canal, leur permettant d'apprécier ses eaux turquoise cristallines et son fond sablonneux. Une fois sur place, un arrêt est effectué où les invités sont autorisés à débarquer du bateau pour nager et profiter des environs. Les eaux peu profondes et le courant doux en font un endroit idéal pour se détendre.