Elafonisi est une île oblongue, qui se « casse » souvent en deux parties par l’eau donnant l’impression d’être une île séparée et une zone protégée « Natura 2000 ». L'île est pleine de dunes avec des lys de sable et des genévriers (comme des cèdres). Les tortues menacées Caretta-Caretta et plusieurs animaux rares nichent sur l'île et il est strictement interdit d'enlever toute plante, animal de la région. Des plages exotiques de sable blanc et d'eaux turquoises rappelant les Caraïbes se forment de part et d'autre de la péninsule. Le sable est rosâtre à de nombreux endroits, prenant sa couleur de milliers de coquilles cassées. Près du point de « rupture » de la péninsule, l’eau ne dépasse pas 1m, créant ainsi un petit lagon, idéal pour les enfants.