Une grande biodiversité se trouve grâce au courant de Humboldt et au phénomène d'affleurement en plus d'autres facteurs comme le soleil et les vents. Les ornithologues amateurs trouveront beaucoup d'entre eux tels que les mouettes, les goélands, les piquiers, les cormorans, les pélicans, les vautours et les manchots de Humboldt. Vous verrez également des crustacés, des échinodermes, des mollusques, des algues et autres. Le point culminant du Tour aux îles Ballestas sont sans aucun doute les otaries ou les lions de mer qui attirent l'attention de tout le monde pour la curiosité de leur comportement (dormir, "poser pour les caméras", ou simplement socialiser et vivre sans problèmes car ils occupent le haut de la chaîne alimentaire dans la zone sans prédateurs naturels).