Le chef-d'œuvre de Léonard, la Cène, l'un des plus grands chefs-d'œuvre peints du monde, occupe le mur du fond du réfectoire précédent du monastère dominicain du XVe siècle. Peint par Léonard entre 1495 et 1498 représente les Apostoles assis avec Jésus lorsque Jésus a annoncé que l'un d'eux le trahirait. L'émotion des Disciples transpire de leurs gestes, mouvements et visages et contraste avec l'apparente immobilité du Christ qui domine le centre d'une composition rigoureusement symétrique en parfaite perspective. Le tableau a été miraculeusement intact par les bombardements d'août 1943 qui ont endommagé le cloître voisin et une partie de l'église.