Le Musée du génocide (S-21) a servi de plaque tournante centrale à un vaste système carcéral dans tout le pays et a été utilisé pendant toute la période comme lieu secret pour la détention, l’interrogatoire, la torture et l’extermination de ceux qui étaient considérés comme des « ennemis politiques » du régime. En raison d'une politique de culpabilité par association, des familles entières ont parfois été détenues au centre. Très peu de détenus ont été libérés de la prison entre 1975 et 1979. Seuls 12 anciens détenus ont survécu à l'ouverture du S-21 lorsque Phnom Penh a été libérée. Quatre d'entre eux étaient des enfants.
Killing Field entre 1975 et 1979 par les Khmers rouges dans la perpétration du génocide cambodgien. Situé à environ 17 kilomètres au sud du centre-ville, il était rattaché au centre de détention de Tuol Sleng. Les corps de 8 895 victimes ont été exhumés du site après la chute des khmers rouges, qui y auraient été exécutés – généralement à coups de pioche pour conserver les balles – avant d’être enterrés dans des fosses communes.