On peut affirmer sans trop se tromper que les conditions météo auront une influence majeure sur vos vacances à San Ignacio de Moxos, mais rappelez-vous qu'il existe des options sympas et à prix démocratique pour vous éclater lorsque le soleil n'est pas de la partie. Les mois les plus chauds sont généralement septembre et octobre, avec une température moyenne de 27 °C, tandis que les mois les plus froids sont juillet et juin, avec une moyenne de 24 °C. Les mois les plus pluvieux à San Ignacio de Moxos sont janvier, février, décembre et mars avec une moyenne mensuelle de 331 mm de pluie.