On peut affirmer sans trop se tromper que les conditions météo auront une influence majeure sur vos vacances à Mustvee, mais rappelez-vous qu'il existe des activités sympas et à petit prix pour vous éclater lorsque le beau temps n'est pas au rendez-vous. Les mois les plus chauds sont généralement juillet et août, avec une température moyenne de 16 °C, tandis que les mois les plus froids sont janvier et février, avec une moyenne de -3 °C. Les mois les plus enneigés à Mustvee sont novembre, décembre, février et avril avec une moyenne de 22 cm de neige enregistrée chaque mois.