Il y a fort à parier que les conditions météorologiques auront une influence majeure sur votre escapade à Mongomo, mais rappelez-vous qu'il existe des activités sympas et à prix léger pour vous éclater lorsque le beau temps n'est pas au rendez-vous. Les mois les plus chauds sont généralement février et janvier, avec une température moyenne de 25 °C, tandis que les mois les plus froids sont juillet et août, avec une moyenne de 23 °C. Les mois les plus pluvieux à Mongomo sont octobre, septembre, mai et avril avec une moyenne mensuelle de 265 mm de pluie.